Vodní toky protékající územím správního obvodu ORP lze zjednodušeně a obecně rozdělit na toky velké a drobné.
K velkým tokům zde náleží Vltava, Malše, Stropnice. Tyto toky svým významem a rozsahem překračují hranice správního obvodu ORP. Povodně na nich jsou výsledkem spíše rozsáhlejších regionálních intenzivních srážek, které trvají zpravidla více než jeden den. Povodeň na těchto tocích má (pokud není aktuálně enormně nasycené povodí) pomalejší nástup i pomaleji odeznívá. Výjimkou je či může být povodeň na Malši pod VD Římov. Plnění nádrže shora může být tak rychlé, že postup povodně po Malši je manipulací na uzávěrech v přehradě naopak proti přirozenému toku urychlen. Zvláště překvapivý nástup povodně je zde v případě snahy vyrovnat v rámci volné retence povodňový přítok do nádrže a poznání o nezvladatelnosti tohoto postupu (volný retenční objem nedostačuje) při nastavení malého odtoku z nádrže. VD Římov nedokáže významněji transformovat povodně od cca Q10 až Q20.
U Vltavy je odtok zčásti ovlivněn hospodařením na VD Lipno. Toto vodní dílo má nezanedbatelný retenční objem a dokáže významně transformovat přítok do nádrže.
Z hlediska správního obvodu ORP České Budějovice se však jedná jen o část povodňového průtoku. Na území přitéká totiž významný odtok z mezipovodí pod VD Lipno bez možnosti jeho významnější transformace.
Na Stropnici je významnější nádrží s ochrannou funkcí VD Humenice. Její vliv na transformaci vyšších povodní je však mizivý. Správcem těchto toků je Povodí Vltavy, s.p. Při povodni na těchto tocích budou zřejmě postiženy regionálně i další správní obvody sousedních ORP.
K drobným tokům patří zbylé výše uvedené i neuvedené toky na území správního obvodu ORP. Povodně na těchto tocích mohou probíhat jednak jako odezva regionálních intenzivních srážek, kdy zde rozdílně od větších toků dochází k rychlejšímu nástupu i odeznění povodně. Druhým typem povodní na těchto tocích jsou povodně přívalové, někdy označované jako bleskové. Vzniknou velmi intenzivní často pouze lokální srážkou. Jsou charakteristické velmi rychlým nástupem a odezněním. Tyto povodně jsou typické pro období od konce dubna do poloviny října. Význam těchto povodní je umocněn opakováním srážek v rychlém sledu za sebou, kdy existuje významná nasycenost povodí z předchozí srážky. Projevy těchto bleskových povodní vyvolaných přívalovými dešti vysoké intenzity se nesoustředí pouze na drobné toky, nýbrž odtok se děje prostřednictvím dalších nejrůznějších stok, cestních příkopů a propustků, terénních depresí a často i prostým přeronem terénu.
Aktuální hydrologické poměry na některých drobných tocích může ovlivnit manipulace na rybničních nádržích. Také úrovně aktuálních hladin v rybnících a tím volné retenční objemy jsou často zásadní pro průchod povodňových vln na těchto tocích s přítomností rybničních nádrží.
V následující části je zhodnocena povodňová problematika jednotlivých obcí v rámci správního obvodu. U všech obcí je klasifikováno povodňové ohrožení ve škále 1-3, kdy stupeň 1 znamená zanedbatelné riziko a stupeň 3 vysoké riziko pro obec . Stupeň nebezpečí pro celou obec byl nastaven nejvyšší ze stupňů stanovených pro jednotlivé části obce.
Povodňová problematika obcí je řešena z úrovně povodňového plánu obce s rozšířenou působností - tedy s určitým nadhledem. Předpokladem je existence povodňových plánů jednotlivých obcí, které by měly řešit konkrétní povodňovou problematiku v dané obci. Při úzce lokálních povodních není ani pravděpodobné zasedání či svolávání povodňové komise ORP.
